水平层流洁净室在第一工作区可达到100级洁净度。自净能力强，造价比垂直层流低，但当空气向另一侧流动过程中含尘度逐渐增高，适用于工艺过程有多种洁净度要求的洁净室。垂直层流洁净室可获得均匀的向下气流，工艺设备可布置在任意位置，自净能力强；但造价和维修费用高，灯具布置和高效空气过滤器堵漏较困难。