按洁净室主要控制对象划分洁净室又可划分为：工业洁净室、生物洁净室。
1.工业洁净室主要的控制对象是灰尘粒子（不分有生命的、无生命的）,某些工艺过程还要求控制分子态污染物AMC。
工业洁净室主要应用在电子、航天、航空、机械、化工、化学制药、能源、纳米等工业中。尤其是电子工业和光电子工业更是离不开洁净室和洁净技术。
2.生物洁净室主要控制对象是有生命的、活的微生物粒子，如病菌、病毒等对人类、动物、环境有害的粒子。
生物洁净室广泛地应用在医疗（洁净手术室、洁净病房）、生物制药、实验动物饲养、生物安全实验室、卫生防疫检疫的事业中。生物洁净室的发展速度非常快，而且得到了各方的认同和重视。
按气流流型洁净室的分类：单向流洁净室、非单向流洁净室、混合流洁净室、矢流洁净室。
单向流（层流）洁净室，其中又分垂直单向流洁净室和水平单向流洁净室。
