在实施医疗净化工程中，须安装进风系统。一个完整的进风系统由新风过滤箱、中央净化空调、高效送风口，必要时还要安装增压箱。中央净化空气所起到的空气净化作用最大，包括初效、中效、高效过滤器，为了延长高效过滤器的使用使用，初效过滤器的质量不能太差。

在实施医疗洁净室工程中，还须安装回风系统，回风系统由回风口、过滤初效器、中效回风箱组成。经过不断的净化，从回风口排出的空气也比室外空气洁净，因此，可和洁净新风混合，以减少净化成本。

在医疗洁净室工程中，须设置合理的洁净分区，在进入洁净室之前，须首先在缓冲区更换衣物、清洁沐浴，等等。缓冲区门安装电子互锁，更衣处放置洁净储衣柜、空气
清新机，并且保证缓冲区相对于洁净室为低压，以免污染气流灌入洁净室。

人和物品进入医疗净化室，须经过风淋室、货淋室。通过风淋室、货淋室的深度吹淋作用，可把附着于表面乃至深处的污染物吹淋掉。如果是小件物品，可用传递窗来传递。有了传递窗，避免频繁开启洁净室的正门。

在医疗洁净室工程中，为了达到理想的净化效果，并减少净化成本，往往会使用局部的空气净化设备，如百级垂直层流工作台、层流罩(FFU)、洁净棚、自净器等。为了检测净化室洁净度，须配备激光尘埃粒子计数器。